structure
P04578 False
    Home Help About           view:Sequence FeatureTable           gene: gag gag-pol env tat nef rev vif vpr vpu           Search
offset
HV1H2 sequence
Number of mutations for residue
chain
topological domain
transmembrane region
domain
short sequence motif
ELM
signal peptide
site of interest
glycosylation site
lipid moiety-binding region
disulfide bond
region of interest
secondary structure ( + details )
PDB
Intrinsic disorder score
?
 
|1
|51
|101
|151
|201
|251
|301
|351
|401
|451
|501
|551
|601
|651
|701
|751
|801
|851
M
R
V
K
E
K
Y
Q
H
L
W
R
W
G
W
R
W
G
T
M
L
L
G
M
L
M
I
C
S
A
T
E
K
L
W
V
T
V
Y
Y
G
V
P
V
W
K
E
A
T
T
T
L
F
C
A
S
D
A
K
A
Y
D
T
E
V
H
N
V
W
A
T
H
A
C
V
P
T
D
P
N
P
Q
E
V
V
L
V
N
V
T
E
N
F
N
M
W
K
N
D
M
V
E
Q
M
H
E
D
I
I
S
L
W
D
Q
S
L
K
P
C
V
K
L
T
P
L
C
V
S
L
K
C
T
D
L
K
N
D
T
N
T
N
S
S
S
G
R
M
I
M
E
K
G
E
I
K
N
C
S
F
N
I
S
T
S
I
R
G
K
V
Q
K
E
Y
A
F
F
Y
K
L
D
I
I
P
I
D
N
D
T
T
S
Y
K
L
T
S
C
N
T
S
V
I
T
Q
A
C
P
K
V
S
F
E
P
I
P
I
H
Y
C
A
P
A
G
F
A
I
L
K
C
N
N
K
T
F
N
G
T
G
P
C
T
N
V
S
T
V
Q
C
T
H
G
I
R
P
V
V
S
T
Q
L
L
L
N
G
S
L
A
E
E
E
V
V
I
R
S
V
N
F
T
D
N
A
K
T
I
I
V
Q
L
N
T
S
V
E
I
N
C
T
R
P
N
N
N
T
R
K
R
I
R
I
Q
R
G
P
G
R
A
F
V
T
I
G
K
I
G
N
M
R
Q
A
H
C
N
I
S
R
A
K
W
N
N
T
L
K
Q
I
A
S
K
L
R
E
Q
F
G
N
N
K
T
I
I
F
K
Q
S
S
G
G
D
P
E
I
V
T
H
S
F
N
C
G
G
E
F
F
Y
C
N
S
T
Q
L
F
N
S
T
W
F
N
S
T
W
S
T
E
G
S
N
N
T
E
G
S
D
T
I
T
L
P
C
R
I
K
Q
I
I
N
M
W
Q
K
V
G
K
A
M
Y
A
P
P
I
S
G
Q
I
R
C
S
S
N
I
T
G
L
L
L
T
R
D
G
G
N
S
N
N
E
S
E
I
F
R
P
G
G
G
D
M
R
D
N
W
R
S
E
L
Y
K
Y
K
V
V
K
I
E
P
L
G
V
A
P
T
K
A
K
R
R
V
V
Q
R
E
K
R
A
V
G
I
G
A
L
F
L
G
F
L
G
A
A
G
S
T
M
G
A
A
S
M
T
L
T
V
Q
A
R
Q
L
L
S
G
I
V
Q
Q
Q
N
N
L
L
R
A
I
E
A
Q
Q
H
L
L
Q
L
T
V
W
G
I
K
Q
L
Q
A
R
I
L
A
V
E
R
Y
L
K
D
Q
Q
L
L
G
I
W
G
C
S
G
K
L
I
C
T
T
A
V
P
W
N
A
S
W
S
N
K
S
L
E
Q
I
W
N
H
T
T
W
M
E
W
D
R
E
I
N
N
Y
T
S
L
I
H
S
L
I
E
E
S
Q
N
Q
Q
E
K
N
E
Q
E
L
L
E
L
D
K
W
A
S
L
W
N
W
F
N
I
T
N
W
L
W
Y
I
K
L
F
I
M
I
V
G
G
L
V
G
L
R
I
V
F
A
V
L
S
I
V
N
R
V
R
Q
G
Y
S
P
L
S
F
Q
T
H
L
P
T
P
R
G
P
D
R
P
E
G
I
E
E
E
G
G
E
R
D
R
D
R
S
I
R
L
V
N
G
S
L
A
L
I
W
D
D
L
R
S
L
C
L
F
S
Y
H
R
L
R
D
L
L
L
I
V
T
R
I
V
E
L
L
G
R
R
G
W
E
A
L
K
Y
W
W
N
L
L
Q
Y
W
S
Q
E
L
K
N
S
A
V
S
L
L
N
A
T
A
I
A
V
A
E
G
T
D
R
V
I
E
V
V
Q
G
A
C
R
A
I
R
H
I
P
R
R
I
R
Q
G
L
E
R
I
L
L
Envelope glycoprotein gp160
Surface protein gp120
Transmembrane protein gp41
Extracellular
Cytoplasmic
Helical;
YXXL motif; contains endocytosis signal
Di-leucine internalization motif
signal peptide
Cleavage; by host furin
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
N-linked (GlcNAc...); by host
S-palmitoyl cysteine; by host
S-palmitoyl cysteine; by host
disulfide bond
disulfide bond
disulfide bond
disulfide bond
disulfide bond
disulfide bond
disulfide bond
disulfide bond
disulfide bond
disulfide bond
V1
V2
V3
CD4-binding loop
V4
V5
Fusion peptide
Immunosuppression
MPER; binding to GalCer
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Click on orange bars in mutation barplot or residue in sequence for detailed mutagenesis information for a residue. All data is mapped to the HXB2 isolate.
Citation : Davey NE*, Satagopam VP*, Santiago-Mozos S*, Villacorta-Martin C, Bharat TA, Schneider R, Briggs JA.
The HIV Mutation Browser: A Resource for Human Immunodeficiency Virus Mutagenesis and Polymorphism Data.
PLoS Comput Biol. 2014 Dec 4;10(12):e1003951. [PubMed | PLoS ]

If you have any feedback/suggestions or bugs please contact feedback@hivmut.org