structure
P04585 False
    Home Help About           view:Sequence FeatureTable           gene: gag gag-pol env tat nef rev vif vpr vpu           Search
offset
HV1H2 sequence
Number of mutations for residue
chain
domain
short sequence motif
peptide
site of interest
active site
initiator methionine
lipid moiety-binding region
metal ion-binding site
modified residue
region of interest
secondary structure ( + details )
PDB
Intrinsic disorder score
?
 
|1
|51
|101
|151
|201
|251
|301
|351
|401
|451
|501
|551
|601
|651
|701
|751
|801
|851
|901
|951
|1001
|1051
|1101
|1151
|1201
|1251
|1301
|1351
|1401
|1435
M
G
A
R
A
S
V
L
S
G
G
E
L
D
R
W
E
K
I
R
L
R
P
G
G
K
K
K
Y
K
L
K
H
I
V
W
A
S
R
E
L
E
R
F
A
V
N
P
G
L
L
E
T
S
E
G
C
R
Q
I
L
G
Q
L
Q
P
S
L
Q
T
G
S
E
E
L
R
S
L
Y
N
T
V
A
T
L
Y
C
V
H
Q
R
I
E
I
K
D
T
K
E
A
L
D
K
I
E
E
E
Q
N
K
S
K
K
K
A
Q
Q
A
A
A
D
T
G
H
S
N
Q
V
S
Q
N
Y
P
I
V
Q
N
I
Q
G
Q
M
V
H
Q
A
I
S
P
R
T
L
N
A
W
V
K
V
V
E
E
K
A
F
S
P
E
V
I
P
M
F
S
A
L
S
E
G
A
T
P
Q
D
L
N
T
M
L
N
T
V
G
G
H
Q
A
A
M
Q
M
L
K
E
T
I
N
E
E
A
A
E
W
D
R
V
H
P
V
H
A
G
P
I
A
P
G
Q
M
R
E
P
R
G
S
D
I
A
G
T
T
S
T
L
Q
E
Q
I
G
W
M
T
N
N
P
P
I
P
V
G
E
I
Y
K
R
W
I
I
L
G
L
N
K
I
V
R
M
Y
S
P
T
S
I
L
D
I
R
Q
G
P
K
E
P
F
R
D
Y
V
D
R
F
Y
K
T
L
R
A
E
Q
A
S
Q
E
V
K
N
W
M
T
E
T
L
L
V
Q
N
A
N
P
D
C
K
T
I
L
K
A
L
G
P
A
A
T
L
E
E
M
M
T
A
C
Q
G
V
G
G
P
G
H
K
A
R
V
L
A
E
A
M
S
Q
V
T
N
S
A
T
I
M
M
Q
R
G
N
F
R
N
Q
R
K
I
V
K
C
F
N
C
G
K
E
G
H
T
A
R
N
C
R
A
P
R
K
K
G
C
W
K
C
G
K
E
G
H
Q
M
K
D
C
T
E
R
Q
A
N
F
L
R
E
D
L
A
F
L
Q
G
K
A
R
E
F
S
S
E
Q
T
R
A
N
S
P
T
R
R
E
L
Q
V
W
G
R
D
N
N
S
P
S
E
A
G
A
D
R
Q
G
T
V
S
F
N
F
P
Q
V
T
L
W
Q
R
P
L
V
T
I
K
I
G
G
Q
L
K
E
A
L
L
D
T
G
A
D
D
T
V
L
E
E
M
S
L
P
G
R
W
K
P
K
M
I
G
G
I
G
G
F
I
K
V
R
Q
Y
D
Q
I
L
I
E
I
C
G
H
K
A
I
G
T
V
L
V
G
P
T
P
V
N
I
I
G
R
N
L
L
T
Q
I
G
C
T
L
N
F
P
I
S
P
I
E
T
V
P
V
K
L
K
P
G
M
D
G
P
K
V
K
Q
W
P
L
T
E
E
K
I
K
A
L
V
E
I
C
T
E
M
E
K
E
G
K
I
S
K
I
G
P
E
N
P
Y
N
T
P
V
F
A
I
K
K
K
D
S
T
K
W
R
K
L
V
D
F
R
E
L
N
K
R
T
Q
D
F
W
E
V
Q
L
G
I
P
H
P
A
G
L
K
K
K
K
S
V
T
V
L
D
V
G
D
A
Y
F
S
V
P
L
D
E
D
F
R
K
Y
T
A
F
T
I
P
S
I
N
N
E
T
P
G
I
R
Y
Q
Y
N
V
L
P
Q
G
W
K
G
S
P
A
I
F
Q
S
S
M
T
K
I
L
E
P
F
R
K
Q
N
P
D
I
V
I
Y
Q
Y
M
D
D
L
Y
V
G
S
D
L
E
I
G
Q
H
R
T
K
I
E
E
L
R
Q
H
L
L
R
W
G
L
T
T
P
D
K
K
H
Q
K
E
P
P
F
L
W
M
G
Y
E
L
H
P
D
K
W
T
V
Q
P
I
V
L
P
E
K
D
S
W
T
V
N
D
I
Q
K
L
V
G
K
L
N
W
A
S
Q
I
Y
P
G
I
K
V
R
Q
L
C
K
L
L
R
G
T
K
A
L
T
E
V
I
P
L
T
E
E
A
E
L
E
L
A
E
N
R
E
I
L
K
E
P
V
H
G
V
Y
Y
D
P
S
K
D
L
I
A
E
I
Q
K
Q
G
Q
G
Q
W
T
Y
Q
I
Y
Q
E
P
F
K
N
L
K
T
G
K
Y
A
R
M
R
G
A
H
T
N
D
V
K
Q
L
T
E
A
V
Q
K
I
T
T
E
S
I
V
I
W
G
K
T
P
K
F
K
L
P
I
Q
K
E
T
W
E
T
W
W
T
E
Y
W
Q
A
T
W
I
P
E
W
E
F
V
N
T
P
P
L
V
K
L
W
Y
Q
L
E
K
E
P
I
V
G
A
E
T
F
Y
V
D
G
A
A
N
R
E
T
K
L
G
K
A
G
Y
V
T
N
R
G
R
Q
K
V
V
T
L
T
D
T
T
N
Q
K
T
E
L
Q
A
I
Y
L
A
L
Q
D
S
G
L
E
V
N
I
V
T
D
S
Q
Y
A
L
G
I
I
Q
A
Q
P
D
Q
S
E
S
E
L
V
N
Q
I
I
E
Q
L
I
K
K
E
K
V
Y
L
A
W
V
P
A
H
K
G
I
G
G
N
E
Q
V
D
K
L
V
S
A
G
I
R
K
V
L
F
L
D
G
I
D
K
A
Q
D
E
H
E
K
Y
H
S
N
W
R
A
M
A
S
D
F
N
L
P
P
V
V
A
K
E
I
V
A
S
C
D
K
C
Q
L
K
G
E
A
M
H
G
Q
V
D
C
S
P
G
I
W
Q
L
D
C
T
H
L
E
G
K
V
I
L
V
A
V
H
V
A
S
G
Y
I
E
A
E
V
I
P
A
E
T
G
Q
E
T
A
Y
F
L
L
K
L
A
G
R
W
P
V
K
T
I
H
T
D
N
G
S
N
F
T
G
A
T
V
R
A
A
C
W
W
A
G
I
K
Q
E
F
G
I
P
Y
N
P
Q
S
Q
G
V
V
E
S
M
N
K
E
L
K
K
I
I
G
Q
V
R
D
Q
A
E
H
L
K
T
A
V
Q
M
A
V
F
I
H
N
F
K
R
K
G
G
I
G
G
Y
S
A
G
E
R
I
V
D
I
I
A
T
D
I
Q
T
K
E
L
Q
K
Q
I
T
K
I
Q
N
F
R
V
Y
Y
R
D
S
R
N
P
L
W
K
G
P
A
K
L
L
W
K
G
E
G
A
V
V
I
Q
D
N
S
D
I
K
V
V
P
R
R
K
A
K
I
I
R
D
Y
G
K
Q
M
A
G
D
D
C
V
A
S
R
Q
D
E
D
Gag-Pol polyprotein
Matrix protein p17
Capsid protein p24
Nucleocapsid protein p7
p6-pol
Protease
Reverse transcriptase/ribonuclease H
Integrase
p51 RT
p15
Nuclear export signal
Nuclear localization signal
Tryptophan repeat motif
Spacer peptide p2
Transframe peptide
Cleavage; by viral protease
Cis/trans isomerization of proline peptide bond; by human PPIA/CYPA
Cleavage; by viral protease
Cleavage; by viral protease
Cleavage; by viral protease
Cleavage; by viral protease
Cleavage; by viral protease
Cleavage; by viral protease
Cleavage; by viral protease
Cleavage; by viral protease
Essential for RT p66/p51 heterodimerization
Essential for RT p66/p51 heterodimerization
Cleavage; by viral protease; partial
Cleavage; by viral protease
For protease activity; shared with dimeric partner
Removed; by host
N-myristoyl glycine; by host
Magnesium; catalytic; for reverse transcriptase activity
Magnesium; catalytic; for reverse transcriptase activity
Magnesium; catalytic; for reverse transcriptase activity
Magnesium; catalytic; for RNase H activity
Magnesium; catalytic; for RNase H activity
Magnesium; catalytic; for RNase H activity
Magnesium; catalytic; for RNase H activity
Magnesium; catalytic; for integrase activity
Magnesium; catalytic; for integrase activity
 
PPIA/CYPA-binding loop
RT 'primer grip'
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Click on orange bars in mutation barplot or residue in sequence for detailed mutagenesis information for a residue. All data is mapped to the HXB2 isolate.
Citation : Davey NE*, Satagopam VP*, Santiago-Mozos S*, Villacorta-Martin C, Bharat TA, Schneider R, Briggs JA.
The HIV Mutation Browser: A Resource for Human Immunodeficiency Virus Mutagenesis and Polymorphism Data.
PLoS Comput Biol. 2014 Dec 4;10(12):e1003951. [PubMed | PLoS ]

If you have any feedback/suggestions or bugs please contact feedback@hivmut.org